Ответ на вопрос можно найти в письме Минфина от 16.12.21 №03-07-11/102559.
НДС следует исчислять по операциям реализации товаров (работ, услуг), осуществленным с начала того отчетного (налогового) периода, в котором было утрачено право на УСН.
То есть, если отгрузка товаров состоялась в начале квартала, по итогам которого налогоплательщик «слетел» с УСН, на сумму отгрузки следует начислить НДС. При этом налог рассчитывается в общеустановленном порядке, заявили в Минфине.
В данном случае, если теряете право на УСН в 3-м квартале, НДС нужно заплатить по операциям с начала 3-го квартала.