Скорее всего, оно произошло из английского языка.
«Полундра!» — это междометие, образованное, по самой распространенной версии, от английского fall under, что означает «падать вниз/под». Этим возгласом не только моряки, но и пожарные предостерегают окружающих о том, что нечто падает сверху и следует поберечься и/или спрятаться.
Правда, в самом английском языке сейчас используется другое выражение с примерно тем же смыслом: Stand from under! — «Уйди снизу!». По другой версии, в русский язык слово «полундра» пришло из голландского, трансформировавшись из команды van onderen.
Дискуссия